Ауторитет оснивача и препознатљиви резултати остварени током четворогодишњег постојања као Одељења београдске Богословије Светог Саве, издејствовали су да Свети архијерејски сабор СПЦ, на ванредном новембарском заседању 2000. године, одлучи да школа прерасте у самосталну Богословију Светог Јована Златоустог у Крагујевцу.
Свечано проглашење обављено је на празник великог васељенског оца и учитеља Светог Јована, 26. новембра 2000. године у Крагујевцу. Свету Литургију у крагујевачкој Саборној цркви Успења Пресвете Богородице служио је епископ шумадијски др Сава, уз саслужење епископа бихаћко-петровачког Господина Хризостома и епископа пожаревачко-браничевског Господин др Игнатија, изасланика Сабора и патријарха Српске Цркве, као и свих професора свештенослужитеља и ректора осталих богословија. Архијереји су током свечаности упутили учесницима овог сабрања поруке о томе колико је за нашу Цркву и наш народ важна црквена просвета. О предањским аспектима образовања у Цркви и увек актуелним питањима односа вере и знања беседио је протођакон Зоран Крстић, суплент новоосноване крагујевачке Богословије.
На свечаном славском ручку, госте, професоре и ученике поздравио је вршилац дужности ректора Богословије Светог Јована Златоустог протођакон др Драган Протић. Своју наду да ће наша Црква са новом школом добити свештенике достојне светле традиције и спремне да и у XXI веку свој народ воде путевима спасења, изразили су инспектор богословија СПЦ протојереј ставрофор Душан Дачић, ректор призренске Богословије Светих Ћирила и Методија (сада у Нишу) протојереј ставрофор Милутин Тимотијевић, ректор Богословије Светог архиепископа Арсенија у Сремским Карловцима протојереј ставрофор Душан Петровић и декан Богословског факултета у Београду протонамесник професор др Радован Биговић.
Захвалност Богу и светом Јовану Златоустом на овом дару, као и свима који су помогли стасавању нове Богословије, упутио је епископ шумадијски др Сава, уз архијерејску поуку да се налазимо у времену које можемо разумети само ако науку Господа нашега Исуса Христа буду тумачили и преносили добро образовани свештеници. О томе ће се, по речима владике Саве, старати крагујевачко богословско училиште које за заштитника има светитеља који је светило света, учитељ васељене, земаљски анђео, небески човек, ненадмашни благовесник Вечног Еванђеља Спасовског, проповедник покајања, херувимски молитвеник, свежалостиви милосрдник, христочежњиви подвижник, богонадахнути песник, богомудри философ, стуб и тврђава Цркве.
Упоредо са оснивањем средње богословске школе у Крагујевцу, а у време када су многе несреће сналазиле српски народ (рат у бившим републикама СФРЈ, политичка и економска изолација, војна интервенција НАТО пакта) Шумадијска епархија са својим архијерејом, свештенством и верним народом у матици и расејању, настојала је да организује ефикасну харитативну делатност, старајући се о великом броју унесрећених. Један вид те бриге било је обезбеђивање смештаја за децу која су у Босни и Хрватској остала без родитеља. За њих припреман интернат поред цркве Светог Саве у Крагујевцу, након престанка рата, могао је да буде претворен у одговарајућу зграду за смештај богослова у коју су се они уселили почетком школске 2001/2002. године. Испоставило се да започети објекат (грађен према пројекту угледног крагујевачког архитекте Верољуба Трифуновића) у потпуности одговара савременом схватању црквеног образовања, по коме школски храм има централно место, али и са садржајима који задовољавају интересовања данашњих генерација.
На основу одлуке надлежних црквених органа, школовање у српским православним богословијама траје пет година. Крагујевачка богословија тренутно има пет одељења у којима је распоређено сто три ученика из већине епархија Српске православне цркве. За њих је обезбеђен смештај у двокреветним и четворокреветним собама, као и исхрана.
До 2010. године школовање у крагујевачкој Богословије окончало је девет ученичких генерација. Већина је наставила школовање на високим богословским школама, претежно на Православном богословском факултету Универзитета у Београду. Неки од њих су већ рукуположени за свештенике, док је знатан број анажован на вероучитељким пословима у државним школама.
Школски храм, посвећен Светом Јовану Златоустом, осликан је прилозима верника. Живопис, као и мозаичке фреске на спољним фасадама школске зграде, рад су иконописачке радионице Свети краљ Милутин из Крагујевца.
Ректор Богословије Светог Јована Златоустог у Крагујевцу, од њеног осамостаљивања је протојереј ставрофор др Зоран Крстић. Школа тренутно има петнаест професора и васпитача.
Званице на свечаности проглашења самосталности Богословије у Крагујевцу
Сава, епископ шумадијски 1977-2001
